Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (MMPI) Fakultas Tarbiyah dan Keguruan (FITK) UIN Jakarta pertama kali dibuka pada tahun akademik 2016-2017. Program Magister MPI merupakan program magister keempat dan termuda yang dibuka oleh FITK UIN Jakarta. Dasar pembentukan dan izin operasional Program Magister Manajemen Pendidikan Islam adalah Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 4504 tanggal 7 Agustus 2015. Tiga tahun setelah didirikan, Program Magister MPI menerima akreditasi pertamanya dengan peringkat B berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No. 2898/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2018.
Tujuan Program Studi Magister MPI FITK UIN Jakarta dirumuskan dengan merujuk pada Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia. Secara rinci, Program Studi Magister MPI FITK UIN Jakarta bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki: (1) Menghasilkan lulusan profesional dan kompetitif di tingkat nasional dan internasional dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam; (2) Menghasilkan karya penelitian yang berkualitas, inovatif, dan teruji di bidang Manajemen Pendidikan Islam; (3) Menghasilkan karya pengabdian kepada masyarakat di bidang Manajemen Pendidikan Islam yang inovatif dan sesuai dengan kebutuhan nyata masyarakat; (4) Mewujudkan kemitraan profesional dan berkelanjutan dengan universitas baik dalam maupun luar negeri serta dengan pemerintah dan masyarakat dalam rangka pelaksanaan tridharma di bidang Manajemen Pendidikan Islam.