Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (MMPI) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) UIN Jakarta dibuka pertama kali pada tahun ajaran 2016-2017. Program Magister MPI merupakan program magister keempat dan termuda yang dibuka oleh FITK UIN Jakarta. Dasar izin pendirian dan operasional Program Magister Manajemen Pendidikan Islam adalah Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 4504 tanggal 7 Agustus 2015. Tiga tahun setelah berdiri, Magister MPI melakukan akreditasi pertama dengan peringkat B berdasarkan SK BAN-PT No. 2898/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2018/
Tujuan Program Studi Magister MPI FITK UIN Jakarta dirumuskan dengan mengacu pada Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia. Secara rinci Program Studi Magister MPI FITK UIN Jakarta bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki: (1) Menghasilkan lulusan yang profesional dan berdaya saing di tingkat nasional dan internasional dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam; (2) Menghasilkan karya penelitian yang bermutu, inovatif dan teruji dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam; (3) Menghasilkan karya pengabdian kepada masyarakat dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam yang inovatif dan sesuai dengan kebutuhan riil masyarakat; (4) Terwujudnya kemitraan yang profesional dan berkelanjutan baik dengan perguruan tinggi dalam dan luar negeri maupun dengan pemerintah dan masyarakat dalam rangka penyelenggaraan tridharma bidang Manajemen Pendidikan Islam.